В сезоне-2006 Фернандо Алонсо как действующий чемпион выступал на Renault со стартовым номером "1".
В 2006 году Формула-1 перешла с 3-литровых двигателей V10 на V-образные "восьмерки" объемом 2,4 литра. Это изменение в регламенте сильнее всего отразилось на команде McLaren Mercedes, у которой в 2005 году был самый мощный двигатель. В Renault, напротив, неплохо справились с работой, и Алонсо выиграл шесть из первых девяти гонок, а в трех остальных финишировал третьим. А затем команда резко сдала - в следующих семи гонках Фернандо лишь два раза поднялся на вторую ступеньку подиума!
Фернандо Алонсо, Renault R26, Гран-При Канады
Напротив, во второй половине сезона серьезно прибавила команда Ferrari. Михаэль Шумахер выиграл пять из семи гонок и за два этапа до окончания сезона по очкам догнал Алонсо. Судьба титула фактически решилась в предпоследней гонке сезона. Шумахер стартовал с поула и лидировал с неплохим отрывом, но подвел двигатель. Победа досталась Фернандо, и задача в финальной гонке свелась к получению хотя бы одного очка, с чем испанец успешно справился.
Еще до начала сезона стало известно, что в конце 2006 года Алонсо уйдет в McLaren Mercedes. Впрочем, уже в 2008 году Фернандо вернулся в Renault.
Итоги сезона для Фернандо Алонсо: 18 стартов, 14 подиумов, 7 побед, 6 поул-позиций, 2 лучших круга, 134 очка, 1 место в чемпионате.